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衣原体、支原体感染后如果没有治疗或治疗不彻底，衣原体、支原体就会侵入到尿道附近的生殖器官，男性患者可引起附睾炎、前列腺炎等，同时支原体、衣原体还可吸附在精子表面，影响精子的正常功能和代谢，出现精子运动能力降低，数目减少、畸形精子增多，这些都影响生育；女性患者可并发急性输卵管炎、子宫内膜炎及盆腔炎，这些疾病多会影响生育。

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